Na základě nedávného výzkumu tibetské historie a kultury se předpokládá, že ústní tradice sahá více než 8 000 let do minulosti, na rozdíl od minulého století, kdy se věřilo, že Sowa Rigpa má 4 000letou historii. Na základě zdrojů, na kterých je tento výzkum založen, lze tedy říci, že tibetská medicína má své kořeny v době kamenné. Je třeba si uvědomit, že na rozdíl od tvrzení některých učenců se tibetská medicína v Tibetu vyvinula zcela nezávisle. Veškeré znalosti tibetské medicíny jsou proto plodem výzkumu, zkušeností a intuice tibetských lékařů.
Jednou ze základních metod tibetské medicíny je pozorování povahy a zvyků zvířat. Starověcí lidé pravděpodobně disponovali zvláštní intuicí, která jim umožňovala chápat vlastnosti rostlin a používat je k obnovení rovnováhy tělesných funkcí. Pozorování chování zvířat bylo jistě zdrojem učení. Některá zraněná zvířata dokonce hledají určité byliny a když je najdou, buď sama, nebo s pomocí jiných zvířat, přikládají je na bolestivé místo.
Tibetská medicína zahrnuje přibližně 25 léčivých rostlin , jejichž léčebné vlastnosti byly objeveny pozorováním zvířat. Pravděpodobně jich je ještě více, ale u 25 z nich existují důkazy o tom, že jejich léčivé vlastnosti byly objeveny pozorováním zvířat, která je používala při neduzích, poraněních a zlomeninách.
Tibetské lékařské znalosti se přirozeně nezakládají pouze na pozorování světa zvířat, ale také na studiu přírody a jejích živlů. Například starověcí Tibeťané si všimli léčivých vlastností horkých minerálních vod a začali je studovat. Zjistili, že každý pramen má specifické vlastnosti, které pomáhají léčit určité neduhy. Všimli si, že všude, kde se nachází horký pramen, se ukládají různé minerály, a začali studovat léčivé vlastnosti kamenů a minerálů v závislosti na zdroji. Byly případy, kdy specifické vlastnosti rostliny, minerálu nebo jiné látky byly objeveny prostřednictvím zvláštního vhledu nebo během meditace.
Přibližně před třemi tisíci lety začala tibetská lidová moudrost ovlivňovat lékařskou vědu a kulturu Číny a Indie. V současné době probíhá výzkum, který má zjistit, zda čínská medicína ovlivnila tibetskou medicínu, nebo naopak.
Ti, kdo se touto problematikou zabývají, zejména historici, se donedávna domnívali, že tibetská medicína byla silně ovlivněna čínskou medicínou. V poslední době se však tento názor postupně obrací a mnozí dospěli k závěru, že tibetská medicína byla, ne-li zdrojem čínské medicíny, tak jistě významnou inspirací. K tomuto závěru dospěli nejen tibetští, ale i čínští badatelé.
První slavný tibetský lékař, Dr. Čebu Triše, napsal ve 20. století př. n. l. Bum Ši, nejstarší dochované pojednání o tibetské medicíně. Text vysvětluje komplexní a přesný lékařský systém, a to jak v teorii, tak v praxi. Skládá se ze tří hlavních částí, které se zabývají nemocemi, diagnostickými metodami a léčbou.
Za vlády Lha Thothori Nyentsena (4. století př. n. l.) dva lékaři z Indie, Vijay Gaje a Bila Gaje, umožnili prohloubení lékařských znalostí šířením principů stanovených v ájurvédské medicíně.
Díky intenzivnímu obchodu a kulturní výměně za vlády Songtsena Gampa (617-698 n. l.) obohatily a ovlivnily tibetskou lékařskou vědu další nové lékařské poznatky. Během tohoto období byli do Tibetu pozváni indičtí lékaři Bharadwaja, Hanwan Hang z Číny a Galén z Řecka, aby šířili své léčebné znalosti.
V 7. století slavný a brilantní lékař Juthok Jonten Gonpo (708-833 n. l.), nazývaný „Starý muž“ a považovaný za jednoho z nejlepších lékařů všech dob.
žil v Tibetu a kombinoval lékařské systémy z Indie, Persie a Číny se systémy západního Tibetu. Juthok starší
Prohloubil a revidoval starověké Bum Shi, obohatil ho, přidal nová vysvětlení a změnil jeho název na Gyu Shi, „Čtyři slavné tantry tibetské medicíny“.
Juthok Jonten Gonpo žil velmi neobvyklý život. Oženil se v 80 letech, měl tři děti a zemřel ve 125 letech. Východně od Lhasy založil první tibetskou lékařskou fakultu a nemocnici „Kong po sman Lung“, kde osobně vyškolil přes tisíc lékařů a mentoroval dalších tři sta vysoce kvalifikovaných praktiků, kteří později praktikovali medicínu po celém Tibetu.
V 9. století n. l. sestavil Terton Dorbum Chodrag knihy „Velká váza s nektarem“ a „Malá váza s nektarem“ tradiční tibetské medicíny, dvě z nejslavnějších příruček o léčbě infekčních a nakažlivých nemocí. Dr. Dorbum byl uznáván jako první specialista na léčbu těchto nemocí.